微生物在调试过程中起着很重要的指示左右，通过镜检而根据活性污泥中的微生物可以发现该活性污泥的好差，其指示作用有：
(1) 着生的缘毛目多时，处理效果良好，出水BOD5和浊度低。(如小口钟虫、八钟虫、沟钟虫、褶钟虫、瓶累枝虫、微盘盖虫、独缩虫)这些缘毛目的种类都固定在絮状物上，并随窗之而翻动，其中还夹杂一些爬行的 栖纤虫、游仆虫、尖毛虫、卑气管叶虫等，这说明优质而成熟的活性污泥。
(2) 小口钟虫在生活污水和工业废水处理很好时往往就是优势菌种。
(3) 如果大量鞭毛虫出现，而着生的缘毛目很少时，表明净化作用较差。
(4) 大量的自由游泳的纤毛虫出现，指示净化作用不太好，出水浊度上升。
(5) 如出现主要有柄纤毛虫，如钟虫、累枝虫、盖虫、轮虫、寡毛类时，则水质澄清良好，出水清澈透明，酚类去除率在90%以上。
(6) 根足虫的大量出现，往往是污泥中毒的表现。
(7) 如在生活污水处理中，累枝虫的大量出现，则是、解絮的征兆。
(8) 而在印染废水中，累枝虫则作为污泥正常或改善的指示生物。
(9) 在石油废水处理中钟虫出现是理想的效果。
(10) 过量的轮虫出现，则是污泥要膨胀的预兆。
另在一些对原生动物不宜生长的污泥中，主要看菌胶团的大小用数量来判断处理效果。
相关微生物的图片提供如下：
1、变形虫（阿米巴）amoeba.
顾名思义，变形虫是能变形的。不过这种变形也是有限度的。
一些种类的变形虫能向四外伸出假足，以探查水中的化学成分，决定移动方向。而有些种类根本没有假足。 他们猎食时覆盖它的猎物， 把猎物裹起来，这样就产生了一个食物泡， 食物泡可以消化吸收猎物。
大多数变形虫对人体无害,但有几种变形虫能产生人类疾病：阿米巴痢疾，主要发生在贫穷国家。
变形虫食性广,单细胞藻类,细菌,小原生动物，真菌，有机碎片等皆是它们的食物. 变形虫生命力强,在条件不好时，可以形成一个包囊(休眠体)度过难关。
动态中的食物泡. 食物泡中充满了酶，用来消化猎物.消化过程很容易用显微镜观察。
food vacuole:食物泡
nucleus:细胞核
变形虫的尾末端结构，并非所有种类的变形虫都有尾末端
2、太阳虫目 （Heliozoan）
中间的圆形的东西是核,而细胞的外层部分有很多大的液泡。
两个太阳虫 在分享一顿美食 。可是不久其中的一个让出了食物，然后他们两个分开来。
图 C 显示许多太阳虫个体组成了群体，进行捕食
3、草履虫
群居的草履虫
受攻击的草履虫
下面是草履虫的模拟图
4、栉毛虫
很像个小乌龟
